Nel 1740 i Padri Francescani decisero di costruire una nuova chiesa con una grandiosa facciata e una torre per campanile.

Per il progetto fu incaricato il Maestro muratore e ingegnere Michele Colangiuli di Acquaviva che propose in versione più semplice il prospetto che stava studiando per la Cattedrale. Per l'interno lo spazio gli dava la possibilità di ispirarsi a grandi modelli.

Per questo motivo il Colangiuli fece della pianta centrale e della navata unica, con cupola e abside profonda, una scatola a sorpresa, allungando la croce greca in una prospettiva orizzontale. Lo stucco e il nitido rilievo delle membrature aggiunsero altre magie.

Il Settecento monopolitano appare qui arricchito del frutto più prezioso: quello degli intagliatori e doratori di organi nonché maestri del registro e della composizione fonica.

Successivamente la nuova chiesa, fiammante, con i suoi stucchi, i suoi dipinti e il bellissimo organo, venne sconsacrata e diventò luogo di adunanze politiche, seggio elettorale e dei sorteggi per i soldati di leva. In questa ex chiesa il 21 ottobre 1861 vi fu il plebiscito.

Il Convento dei Francescani è sede dell'attuale Municipio.

Nel 1960 la chiesa di S. Francesco è eletta Parrocchia con il titolo di "S. Maria Amalfitana" poiché più centrale e ampia dell'antica chiesa romanica, e pertanto più idonea alle necessità parrocchiali.